民國四十三年六月，理化系成立 (本系之前身)，本校改制為四年制大學教育新制之時，初隸教育委員會。
民國四十四年七月，教育委員會改組為普通科學部，本系改隸普通科學部。
民國六十四年四月，普通科學部改組為自然科學部，本系改隸自然科學部。
民國八十五年八月改制為大學部，本系改隸大學部。
民國八十八年一月設系完成，理化系分別成立物理系及化學系

參酌「西點軍校及國內各大學化學系之課程規劃」輔以「未來建軍發展方向」、「先進科技發展趨勢」為課程設計之依據，為配合實施核心能力之建立，厚植化學兵科專業技能基本學養，因應奠定化生放核防護專業技能之能力要求，以及強化學生化學專業領域知識技能，並透過四點教育內涵，期使本系畢業學生具備八大核心能力。