民國四十二年，陸軍官校改制為四年制大學教育時，成立軍事工程系。本系初隸屬教育委員會，民國四十四年七月教委會改組為普通科學部，六十六年四月復改制為自然科學部，本系隸屬之。民國六十七年，本校為廣泛培養初級軍官幹部因應部隊殷切需求，成立二年制專區部，本系兼負專科部土木科之教學任務。民國八十五年九月配合大學法之實施，本校將自然科學部與社會科學部合併編成為大學部，本系擔任土木工程學專業課程之教學，並於民國八十八年成立二年制土木工程技術系( 但僅辦一期 )。民國八十八年九月一日合併本校測繪系，並向教育部申請設立學系，經核定成立土木工程學系。民國九十六年配合教育政策停招二年制專科部，提高軍官基礎教育為大學程度。